W latach 1545 - 1563 odbył się w Trydencie sobór, który w dużej mierze uporządkował Kościół katolicki, sprzeciwiając się jednocześnie niemal wszystkim postulatom protestantów. Moralny autorytet Kościoła, dzięki licznym zabiegom prawnym oraz zwiększeni wymagań dla adeptów na kleryków, został odbudowany w znacznej mierze. Zabroniono min. skupiania w jednym ręku kilku beneficjów kościelnych. Biskupi musieli przeprowadzać co pewien czas wizytacje w swych parafiach. Powstawało coraz więcej uczelni katolickich i seminariów duchownych. Wprowadzono Index librorum prohibitorum, czyli Indeks ksiąg zakazanych, na który wpisywano wiele dzieł niezgodnych z nauką Kościoła, min. "O obrotach ciał niebieskich" Mikołaja Kopernika.W Trydencie potwierdzono wyższość papieża nad soborem. Została odnowiona, bo działała już w XIII wieku, instytucja Inkwizycji, będąca organizacją o charakterze sądowo-policyjnym, ścigająca heretyków. Główną rolę odgrywali w niej dominikanie. Powstały nowe zakony, z których największą rolę odegrał zakon jezuitów, czyli Towarzystwo Jezusowe, powołane do życia przez Hiszpana Ignacego Loyolę w 1534 roku. Jezuici zakładali mnóstwo szkół we wszystkich niemal krajach europejskich, w tym w Polsce. Prowadzili także ożywioną dysputę teologiczną z protestantami, zakładali misje np. w Ameryce Południowej, gdzie stworzyli nawet własne państwo (upadło w drugiej połowie XVIII wieku). Zakon został rozwiązany przez papieża w roku 1773.