W Niemczech już w latach dwudziestych XVI wieku rozpoczęły się utarczki militarne. Już w 1524 roku gromady chłopskie, zafascynowane ideami reformacji zaprzeczającymi bogactwu Kościoła, rozpoczęły powstanie, któremu przewodził Tomasz Munzer. Chłopi, postulując zniesienie ucisku feudalnego, zwracali się przeciw niemal wszystkim osobom z wyższego niż oni stanu. Chłopi, choć kiepsko uzbrojeni, walczyli z olbrzymią zaciętością i brutalnością. W końcu sam Marcin Luter wezwał do stłumienia ich powstania. Powstanie zostało krwawo stłumione już w 1525 roku, a jego przywódca skazany na śmierć. W 1529 roku grupa posłów zaprotestowała w Reichstagu przeciw dyskryminacji protestantów. Wkrótce potem powstał Związek Szmalkaldzki, skupiający możnowładców walczących w obronie protestantyzmu. Reformacja w Niemczech, choć nie zdołała zdominować całości życia, odniosła niejaki sukces. W 1555 roku na pokoju w Augsburgu, kończącym wojny religijne w tym kraju, postanowiono, że odtąd panować będzie w Rzeszy zasada "czyja władza, tego religia". Oznaczało to, że władcy poszczególnych państewek Rzeszy mogą samodzielnie decydować o religii obowiązującej na ich terytorium. Była to więc tolerancja bardzo wybiórcza, pozostawiająca rzeczywisty wybór jedynie najwyższym stanem osobom w Rzeszy. Warto zwrócić uwagę, że sam cesarz niemiecki nigdy nie przyjął ideologii protestanckiej, pozostając do końca wierny Kościołowi katolickiemu.